西面の谷を水井谷と呼び、山名もそれに基づくものと思われる。
　北側の仰木峠と峰道が通るせりあい地蔵との間には、戦前まで明瞭な道がなく、主稜線に登山路が開かれたのは比較的新しい。北山クラブのレポート集『京都北山１』〔1967（昭和42）年〕でも、水井山については「（水井山の）尾根筋はブッシュがひどい」と記されている。
　近江と山城を結ぶ峠道や修行の道、八瀬・大原から横川に通じる参詣道（元三大師道）などは、この山を直接登らない形でつけられており、比叡山の峰続きでありながら、それらから独立した山といえるだろう。
　山名は明治時代の地形図にも既に記載されており、人々からはっきりと認識されていたことが推測できる。